Filipin Bağımsız Kilisesi, İspanyol Iglesia Filipina Independiente, Aglipayan Kilisesi olarak da adlandırılır, 1902'de Filipin devriminden sonra İspanyol din adamlarının Roma Katolik Kilisesi'ni kontrol etmesine karşı bir protesto olarak düzenlenen bağımsız kilise. Kilisenin kurucu ortakları, devrim sırasında Filipinler'deki İspanyol din adamları ve hükümet yetkilileri eleştirisi nedeniyle hapsedilen yazar, işçi lideri ve senatör Isabelo de los Reyes y Florentino ve Filipinli Roma Katolik rahip Gregorio Aglipay y Labayán'dı. 1899 yılında devrim adına yaptığı faaliyetler nedeniyle aforoz edildi. Aglipay, de los Reyes'in 1903'te yeni kilisenin yüce piskoposu olarak 1940'ta ölümüne kadar elinde tuttuğu talebini kabul etti.
Kilise, Roma Katolik ibadet biçimlerini takip etmeye devam etti, ancak uzun yıllar doktrin, Unitarianism'den güçlü bir şekilde etkilendi. 1946'da bir şema gelişti ve tek taraflı bir grup kiliseden ayrıldı. 1946'da piskopos seçilen Isabelo de los Reyes, Jr. uyarınca, kilise 1947'de yeni bir inanç beyanı ve Trinitarian olan din makalelerini kabul etti. Amerika Birleşik Devletleri'ndeki Protestan Piskoposluk Kilisesi, 1948'de Filipin Bağımsız Kilisesi'nin üç piskoposunu kutladı ve iki kilise yakın bir derneğe girdi. 1961'de kilise, İngiltere Kilisesi ve Eski Katolik kiliseleri ile tam bir birlik halinde kabul edildi.
20. yüzyılın sonlarında üyelik 1.400.000 idi.
