Roderick MacKinnon, (19 Şubat 1956 doğumlu, Burlington, Massachusetts, ABD), Amerikalı doktor, hücre zarlarındaki iyon kanalları üzerine yaptığı öncü araştırmalarından dolayı 2003 yılında Nobel Kimya Ödülü'nün koruyucusu. Ödülü Amerika Birleşik Devletleri'nden Peter Agre ile paylaştı.
MacKinnon 1982 yılında Tufts Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden MD derecesi aldı. Birkaç yıl tıp uyguladıktan sonra 1986'da Brandeis Üniversitesi'nde iyon kanalları üzerine doktora sonrası çalışmalarla temel araştırmalara yöneldi. 1989'da Harvard Üniversitesi'ne katıldı ve 1996'da profesör ve laboratuvar başkanı olarak Rockefeller Üniversitesi'ne geçti. Bir yıl sonra Rockefeller'deki Howard Hughes Tıp Enstitüsü'nde araştırmacı olarak atandı.
Sinir sistemi ve kalp için özellikle önemli olan iyon kanalları, hücre zarlarında potasyum ve sodyum gibi iyonların hücrelerin içine ve dışına kolayca akmasını sağlayan özel açıklıklardır; suyun geçişi için de benzer yapılar mevcuttur. MacKinnon'un çığır açan çalışması, diğerlerini bloke ederken bir tür iyondan geçen kanallarda “filtrelere” odaklandı. Bu filtrelerin nasıl çalıştığını anlamak için, X-ışını kırınımı kullanarak kanalların daha net görüntülerini elde etti. 1998'de bir iyon kanalının üç boyutlu moleküler yapısını belirledi. MacKinnon'un keşfettiği kanal, ilişkili su moleküllerinin potasyum iyonlarını (sodyum iyonlarını değil) kolayca şeritleyecek ve kaymalarına izin verecek şekilde boyutlandırılmış bir mimariye sahiptir. Ayrıca, hücrenin iç kısmına en yakın kanalın sonunda, hücrenin çevresindeki koşullara tepki gösteren ve kanalı uygun zamanlarda açan ve kapatan sinyaller gönderen moleküler bir “sensör” buldu. Öncü çalışması, bilim insanlarının iyon kanallarının rol oynadığı hastalıklar için ilaç geliştirmeye devam etmelerini sağladı.
