Bosna, karışık etnik nüfusu ile asla kendine özgü ulusal semboller geliştirmedi. Örneğin, 1946'dan 1991-1992'ye kadar komünist liderliğindeki Yugoslavya altında, Sosyalist Bosna Hersek Cumhuriyeti kantondaki Yugoslav ulusal bayrağının küçük bir versiyonuyla kırmızı bir afiş kullandı. 3 Mart 1992'de bağımsızlık ilan edildiğinde, ülkenin Boşnakları, Sırpları ve Hırvatları için kabul edilebilir bir bayrak yoktu. Bosna egemen hükümet bu nedenle uzak geçmişten tarafsız bir sembol olmasını umduğunu kabul etti. Kral Stjepan Tomaš (hükümdar 1443-61) tarafından kullanılan ve en büyük ortaçağ Bosnalı hükümdarı Tvrtko I (1377–91) 'e attığı arması seçti. Altı altın fleurs-de-lis'i ayıran beyaz çapraz çizgili mavi kalkan beyaz bir bayrağın ortasına yerleştirildi. Resmi olarak 4 Mayıs 1992'de kabul edilen sanatsal yorum, Zvonimir Bebek tarafından yaratıldı.
Bu bayrak, ulus iç savaşa girdiğinde birçok Hırvat ve Sırp tarafından reddedildi. 1995'in sonlarında ABD'nin Ohio eyaletindeki Dayton kentinde imzalanan barış anlaşmaları, ülkenin Sırp Cumhuriyeti ile Bosna-Hersek Federasyonu arasında, genellikle Hırvat-Müslüman federasyonu olarak adlandırılan bölünmesini tanıdı. Her devletin kendi sembolleri vardı ve Hırvatlar federasyon bayrağına tercih ederek Hırvat bayrağını kullanmaya devam ettiler, ancak cumhuriyetin 1992 bayrağını hala uluslararası kabul gördü.
1995 anlaşmaları, 1992 tasarımının yerini almak üzere bir bayrağın oluşturulmasını istedi, ancak ulusal yasama organı bu konuda etkisizdi. Böylece Birleşmiş Milletler sembolik olarak tek bir etnik, dini veya siyasi gruba bağlanamayan yeni bir bayrak (4 Şubat 1998) kurdu.
