Trent Konseyi.
1536 Mayıs ayında Papa Paul, önerdiği konseyin Mantua'da yapılması için bir boğa toplantısı yayınladı. Ayrıca, belirli bir grup kardinalin kilisenin suistimalleri hakkında bir rapor hazırlamasına izin verdi. Kardinal Gasparo Contarini tarafından yönlendirilen bu grup, kötü hazırlanmış rahiplerin koordinasyonunu, beceriksiz piskoposların seçimini, faydaların birikimini ve dini emirlerin çöküşünü, vaazları ve ruhların bakımını kınadı. Ancak rapor Protestanların eline geçti ve Luther tarafından Roma Kilisesi'ne ve papalıklara yönelik şiddetli bir saldırıda kullanıldı. Yine de Papa 23 Mayıs 1537'de Mantua'da açılması planlanan konseyi tutma planlarını sürdürdü. Sonsuz sabırla Paul, dokuz yıl boyunca Konseyin açılışını tekrar tekrar erteleyerek İmparator'un, kralların, hükümdarların ve prenslerin muhalefetinin üstesinden gelmeye çalıştı, ancak nihayet mirasının Kardinal Giovanni del tarafından açılmasını sağladı. Monte, 13 Aralık 1545'te Trent'te.
Protestanların caydırılmasına bağlı olarak, İmparator konseyin kendisini esas olarak disiplin ve reformla uğraşmakla sınırladığında ısrar etti. Bununla birlikte, Papa'nın doktriner meselelere öncelik verme kararı geçerliydi ve ilk oturumlarında Trent Konseyi Kutsal Yazıların kanunları, orijinal günah, gerekçe ve ayinler ile reformlar hakkında kararlar aldı. Veba korkusu ve silahlı Protestan güçlerin saldırı tehdidi Papa'yı konseyin Şubat 1548'de Bologna'ya transferini kabul etmeye itti. Ancak İmparator İspanyol ve Almanların Bologna'ya gitmesini yasakladı ve Papa Konseyi askıya almak zorunda kaldı. Bununla birlikte, Trent Konseyi'nin bu ilk aşaması, Kilise'nin öğretimi ve disiplininde kapsamlı bir reform yapılmasına yol açan önemli bir adım atmıştı.
Papa Paul, Papalık Devletleri ve ötesindeki sık sık sorunlu yerleri ziyaret etti. 1535 ve 1537'de Civitavecchia'daydı; 1538'de Nice'e giderken Lucca ve Piacenza'yı ziyaret etti; 1540 yılında güçleri Colonna ailesinin gücünü kestikten sonra Perugia'da şehri sakinleştirmek için ortaya çıktı; ve 1543'te İmparator ile buluşmak için Busseto'ya giderken Bologna'yı ziyaret etti.
