Eskiden bir İngiliz sömürgesi olan Seyşel Adaları 29 Haziran 1976'da bağımsız oldu. O sırada çekilen bayrakta, beyaz bir çapraz çarpı ile ayrılmış mavi ve kırmızı üçgenler vardı. Belki de tesadüfen değil, bu bayrak, gemileri 20. yüzyılın başlarında adaları düzenli olarak ziyaret eden Avustralasya Birleşik Buhar Navigasyon Şirketi tarafından kullanılanla neredeyse aynıydı. Bayrak uzun sürmedi: 5 Haziran 1977'de Seyşel Adaları Halk Partisi'nin (SPUP) önderliğinde bir devrim gerçekleşti. Yeni bayrak, merkezde sarı bir güneşin ihmal edilmesi dışında SPUP bayrağıyla aynı olan dalgalı beyaz bir bantla ayrılmış yeşil üzerinde kırmızı yatay şeritlere sahipti.
1993 yılında yabancı güçlerin baskısı hükümetin demokratikleşmesine yol açtı. İktidar partisi seçimlerde tekelini kaybetti ve diğer partilerin hükümete katılımı daha az partizan bir ulusal bayrak talebine yol açtı. Parlamento, 18 Haziran 1996'da çekilen bir bayrakta çeşitli partilerin renklerini içeren bir tasarımı onayladı. Bayrağın renkleri mavi (gökyüzü ve deniz için), sarı (hayat veren güneş için), kırmızı (insanlar ve onların birlik ve sevgi için çalışmaları), beyaz (sosyal adalet ve uyum için) ve yeşil (toprak ve doğal çevre için).
