Taksonomik sistemler
Taksonomi, organizmaları sınıflandırma bilimi, filogeni temel alır. Erken taksonomik sistemlerin teorik temeli yoktu; organizmalar görünen benzerliğe göre gruplandırıldı. Bununla birlikte, Charles Darwin'in Doğal Seleksiyon Yoluyla Türlerin Kökeni Üzerine yayınlanmasından bu yana, taksonomi, evrimsel iniş ve ilişkinin kabul edilen önerilerine dayanmaktadır.
Filogeninin verileri ve sonuçları, hayat ağacının tarihsel bir evrim sürecinin ürünü olduğunu ve gruplar içindeki ve gruplar arasındaki benzerlik derecelerinin ortak atalardan iniş ile ilişki derecelerine karşılık geldiğini açıkça göstermektedir. Tamamen gelişmiş bir filogeni, canlılar dünyasındaki doğal ilişkileri yansıtan bir taksonominin oluşturulması için gereklidir.
Belirli filogeni kanıtı
Filogeni öneren biyologlar en yararlı kanıtlarını paleontoloji, karşılaştırmalı anatomi, karşılaştırmalı embriyoloji ve moleküler genetik alanlarından alırlar. Genlerin moleküler yapıları ile flora ve faunanın coğrafi dağılımının incelenmesi de yararlıdır. Fosil kayıtları genellikle sert vücut kısımları içeren grupların filogenisini belirlemek için kullanılır; aynı zamanda, moleküler kanıtlar temelinde inşa edilmiş filogenilerdeki türlerin ayrılma sürelerini belirlemek için de kullanılır.
Filogenetik yargılar yapmak için kullanılan verilerin çoğu karşılaştırmalı anatomi ve embriyolojiden gelmiştir, ancak bunlar moleküler veriler kullanılarak oluşturulan sistemler tarafından hızla aşılmaktadır. Anatomistler, farklı türlerde ortak olan özellikleri karşılaştırırken, ortak bir atadan miras alınan homolojiler veya benzerlikler ile benzer alışkanlıklara ve yaşam koşullarına yanıt olarak ortaya çıkan benzerlikler veya benzerlikler arasında ayrım yapmaya çalışırlar.
20. yüzyılın ikinci yarısında ve 21. yüzyılın başlarında yapılan biyokimyasal araştırmalar, filogenetik çalışmalara değerli veriler sağlamıştır. Protein ve deoksiribonükleik asit (DNA) moleküllerini oluşturan birimler dizisindeki farklılıkları sayarak, araştırmacılar, ortak bir atadan evrimleştiklerinden beri farklı türlerin ayrılma derecesini ölçmek için bir araç geliştirdiler. Mitokondriyal DNA, nükleer DNA ile karşılaştırıldığında çok yüksek mutasyon oranlarına sahip olduğundan, son zamanlarda farklılaşan gruplar arasında ilişki kurmak için yararlı olmuştur. Esasen, moleküler genetiğin sistematiğe uygulanması, jeolojik tarihlemede radyoizotopların kullanımına benzer: moleküller mitokondriyal DNA gibi bazıları hızla gelişir ve ribozomal RNA gibi diğerleri yavaş yavaş gelişir. Daha sonra filogeni rekonstrüksiyonu için moleküllerin kullanılmasında önemli bir varsayım, incelenen taksonun yaşı için uygun geni seçmektir.
