“Doğal karakterler” ile sınıflandırma
Linnaeus, cinsel sistemi istediği “botanik reformu” na yaptığı ana katkı olarak görmedi. Başlıca katkısı, bitkilerin sınıflandırılmasında ve isimlendirilmesinde uyulacak ilke ve kuralları çerçeveleyen Fundamenta Botanica (1736; “Botanik'in Temelleri”) kitapçığı şeklinde geldi.
1735 yılında Linnaeus, Hollanda Doğu Hindistan Şirketi ile yakın bağlantıları olan yerel bir İngiliz tüccar ve bankacı olan George Clifford ile Linnaeus'u tanıtan Boerhaave ile tanıştı. Linnaeus'un bilgisinden etkilenen Clifford, Linnaeus'a botanik bahçesinin küratörlüğünü yaptı. Linnaeus bu pozisyonu kabul etti ve bu fırsatı Fundamenta Botanica'nın bazı bölümlerini ayrı yayınlarda genişletmek için kullandı: Bibliotheca Botanica (1736; “Botanik Kütüphanesi”); Botanik isimlendirmesi üzerine Critica Botanica (1737; “Botanik Eleştirisi”); ve Sınıflar Plantarum (1738; “Bitki Sınıfları”). Bu kitaplarda ortaya konulan teorik çerçeveyi iki yayın daha uyguladı: Cliffus koleksiyonunda yer alan türlerin bir kataloğu olan Hortus Cliffortianus (1737); ve ilk Tournefort tarafından sunulan bitki cinsi tanımlarını değiştiren ve güncelleyen Genera Plantarum (1737; “Bitki Generası”).
Genera Plantarum, Linnaeus tarafından onun taksonomik başarısı olarak kabul edildi. Genera Plantarum, bir dizi keyfi bölünme ile ilerleyen jenerik tanımdaki diğer botanikçilerin daha önceki girişimlerinin aksine, Genera Plantarum, Linnaeus'un cinsin “doğal karakterleri” olarak adlandırdığı - çiçek ve meyvenin tüm bölümlerinin morfolojik tanımlarına dayanan bir sistem sundu. Keyfi bölünmelere dayanan sistemlerin (kendi cinsel sistemi dahil) aksine, doğal karakterlere dayanan bir sistem, denizaşırı ticaret noktalarından ve kolonilerinden Avrupa'ya dökülen ve genellikle farklı morfolojik özelliklere sahip olan yeni türlerin sayısını artırabilir.
Bununla birlikte, Linnaeus'un organizmaların yapay ve doğal sınıflandırmaları arasındaki ayrımı, organizmaların doğal hiyerarşilere düşmesine izin veren mekanizma sorununu gündeme getirdi. Bu soruya sadece türler ile ilgili cevap verebilirdi: Linnaeus'a göre türler benzerdi çünkü Tanrı'nın dünyanın başında yarattığı aynı ebeveyn çiftinden türetilmişlerdi. Çağdaşlarının çoğu benzer tür konseptini paylaştı. Bu önemli bir şahsiyet, o zamanlar benzer her şeyi kapsayan bir doğal tarih projesiyle uğraşan Fransız doğa bilimci Georges-Louis Leclerc de Buffon'du - ancak Buffon doğal cinslerin, emirlerin veya sınıfların varlığından şüphe duyuyordu. Linnaeus bu bölünmelerin varlığını hibridizasyon bağlamında açıklamaya çalıştı; ancak İngiliz doğa bilimci Charles Darwin, Türlerin Kökeni'ndeki (1859) ortak iniş ile benzerliği açıklayana kadar doğal hiyerarşiler sorunu tatmin edici bir cevap almayacaktır.
