Katolik komplolar ve İspanyol Armadası
Bu gizli çabalar, Elizabeth'i tahtından indirip Katolikliği İngiltere'ye geri kazandırmak için daha ciddi iki komplonun ortaya çıkmasına yol açacaktı. Londra'daki Fransız büyükelçiliğinde - muhtemelen Giordano Bruno (takma adı Henry Fagot altında yazılan) olarak tanımlanan bir casus, daha sonra İtalyan Rönesansının serbest düşünen bir filozofu olarak ünlü olacak bir Dominikli friar Büyükelçilikten geçen Mary. Arsa, Kasım 1583'te baş gofri Francis Throckmorton'un tutuklanmasıyla kırıldı. Elinde, işgal limanlarının bir haritası ve İngiltere'deki Katolik destekçilerin bir listesi de dahil olmak üzere belgeleri suçluyordu. İşkence altında, Throckmorton, Mary'nin takipçilerinin yükselişiyle birlikte İspanyol ve Fransız birliklerinin İngiltere'yi işgal etme planını açıkladı. İspanya büyükelçisi kovuldu ve İspanya ile diplomatik temaslar koptu.
İkinci komplo olan Babington Plot (komplocu Anthony Babington olarak adlandırılır), Mary'nin ajanlarına habersiz, aslında Mary ile iletişim kurma araçlarını tedarik eden Walsingham'ın çift ajanları ve kod uzmanlarının yardımıyla Ağustos 1586'da ortaya çıktı. bir bira varil içinde kaçak. Mektuplar, Meryem'in yargılanmasına, mahkum edilmesine ve infaz edilmesine yol açarak Elizabeth'i görevden alma çabasında Mary'nin karmaşıklığını belirledi.
Walsingham'ın istihbarat çalışması da İspanya ile gelecek savaşta etkili olacaktı. Walsingham'ın doğru bir şekilde tahmin ettiği İspanyolca'nın ücretini ödeyen Drake'in Paris'teki İngiliz büyükelçisine planları hakkında kasıtlı olarak yanlış bir rapor besleyerek Sir Francis Drake'in Cádiz Limanı'na yaptığı sürpriz baskın hazırlıklarını maskelemeye yardımcı oldu. Walsingham'ın sayısız casusu, Temmuz 1588'de Armada'nın İngiltere'ye yelken açması için İspanyol hazırlıklarının ayrıntılı raporlarını verdi.
Walsingham iki kez evlendi (her iki kez dul kadınlarla): 1562'de Anne Barnes Carleill'e (bazen Carlyle'yi yazdı) ve ölümünden sonra 1566'da Ursula St. Barbe Worseley ile evlendi. Kızı Frances (1567-1632) arka arkaya iki kez evlendi. Elizabeth'in iç çevresinin en önemli figürlerinden biri: şair ve kurye Sir Philip Sidney (1583) ve kürtaj darbe girişiminin ardından 1601'de ihanet için idam edilen Elizabeth'in favorisi olan Essex'in 2. kulağı (1590) Robert Devereux. (Üçüncü kocası, Clanricarde'nin 4. kulağı olan Richard Burke'dü.) Walsingham'a, Richmond Sarayı yakınlarındaki Barn Elms malikanesi de dahil olmak üzere taçtan çok sayıda kazançlı tercih ve mülk verildi. Ama görünüşe göre kısmen Sidney'in mülkünün borçlarını üstlenmesinden dolayı önemli bir borçla öldü.