19. yüzyılda Kolombiya'nın bir parçası olduğu sırada Panama'da ayrılıkçı hareketler olmasına rağmen, tanınmış bir Panama bayrağı yoktu. 1903 yılında, Kolombiya senatosu ABD ile Panama kanalının inşasını sağlayacak önerilen anlaşmayı reddettiğinde, Amerikalılar Panama'nın bağımsızlık hareketine yardım etti ve Panama Cumhuriyeti kuruldu.
Başlangıçta Kolombiya bayrağının renklerini kullanan bir bayrak tasarımı önerildi. Kırmızı ve sarı eşit yatay çizgilerden oluşuyordu ve iki bağlantılı sarı güneş taşıyan mavi bir kantonla, gezegenin iki yarısının gelecekteki Panama Kanalı tarafından bağlanmasını simgeliyordu. Sonunda seçilen bayrak tasarımı 4 Temmuz 1904'te resmileşti; üç ayda bir iki yıldızla bölündü. Atfedilen sembolizm, hükümetteki iki büyük siyasi partinin değişmesiydi (aslında, liberaller için kırmızı, muhafazakarlar için mavi ve aralarındaki barış için beyazdı), ancak renkler ve yıldızlar bayrağının etkisine açıkça işaret etti. Birleşik Devletler. Panama bayrağı, yeni cumhuriyetin ilk cumhurbaşkanının oğlu Manuel E. Amador tarafından tasarlandı.
