Bayrak, Bölgesel Konsey tarafından 1967'de kabul edildi. Eşit olmayan dikey şeritleri, Kanada ulusal bayrağındaki bayraklara karşılık geldiği için “Kanada solgunluğu” olarak adlandırılıyor. (Hanedanlık armasında, solgun, normalde alanın üçte birini veya daha azını kaplayan bir kalkan üzerinde merkezi bir dikey şerittir.) Yukon bayrağındaki yeşil şerit, bölgenin ormanları içindir, mavi ise nehirler ve göller içindir; beyaz Arktik kar içindir. Merkezi amblem, 24 Şubat 1956'da kraliyet emri ile bölgeye verilen resmi Yukon armasıdır. Bu arma Komutan Alan B. Beddoe tarafından tasarlanırken, bayrak Haines Kavşağı'nda bir öğrenci olan Lynn Lambert'in konseptiydi.
Armadaki kret, mineral bakımından zengin Yukon topraklarının Avrupa yerleşimine açılmasında yaygın olarak kullanılan bir Malamute köpeğine sahiptir. Kalkandaki dalgalı dikey şerit Yukon Nehri'ni temsil eder, kırmızı üçgenler dağları önerir ve altın diskler altın ve diğer mineralleri ifade eder. George Haçı (İngiltere) artı kürk ve toprak çiçeği (fireweed) için hanedan sembolü, arması tasarımını tamamlar.
